一、期刊論文

〈政大社資中心有關中國近現代史資料介紹〉，《近代中國史研究通訊》第八期、第九期。
〈孟振生與中國傳教事業的重振〉，《輔仁歷史學報》第八期，頁211-239。
〈十九世紀中葉天主教在華傳教心態初探〉，第三屆歷史學論文討論會論文，收入《見證月刊》二十七卷，特輯一，頁6-27。
〈天津教案再探〉，《輔仁歷史學報》第十一期，頁133-160。
〈抗戰時期于斌的國民外交工作1937～1945〉，《輔仁歷史學報》第十二期，頁1-40。
〈原則、政策與事件—觀察中梵外交關係的三個層次（1922-1971）〉，《輔仁歷史學報》第十四期，頁237-266。
〈愛國天主教徒馬相伯〉，《歷史月刊》2005年5月號。
陳方中，「愛教愛國－馬相伯的人生準則」，輔仁宗教研究，第13期，2006年8月，頁 107-129。
陳方中，「重慶教案再論」，輔仁歷史學報，第17期，2006年11月，頁 257-284。
陳方中，「義和團時期的反教言論」，輔仁歷史學報，第18期，2006年12月，頁 159-198。
陳方中，「義和團運動中民教衝突的性質-以朱家河事件為例」，輔仁歷史學報，第19期，2007年7月，頁 17-56。

二、會議論文

〈湯若望與英斂之宗教思想的聯繫〉，《歷史與宗教—紀念湯若望四百週年誕辰暨天主教傳華史學國際研討會論文集》（臺北：輔仁大學），頁109-122。
〈道明會與巴黎外方傳教會傳教方式與成果的比較研究〉，《慶祝輔仁大學創校七十週年暨臺灣天主教二次開教一百四十年學術研討會》（臺北：輔仁大學），頁113-135。
〈于斌的歷史定位—中國天主教本地化運動的中流砥柱〉，《于樞機教育理念與天主教大學使命學術論文集》（臺北：輔仁大學出版社），頁101-125。
〈臺灣地區有關中國及天主教史研究的史料與研究發展〉，《兩岸資訊社會的史學與運用學術討論會論文集》（臺北：銘傳大學通識教育中心），頁305-325。
〈傳教士與帝國主義—以西林教案為例〉，《輔大宗教系二○○○年—宗教交談研討會論文集》（臺北：輔仁大學出版社），頁225-251。
〈于斌與臺美關係（1950-1978）〉，《20世紀臺灣歷史與人物—第六屆中華民國史專題論文集》（臺北：國史館），頁863-892。
〈于斌與中梵外交關係—庇護第十二時期〉，《中梵外交關係史國際學術研討會論文集》（臺北：輔仁大學歷史系），頁281-320。
〈民間信仰與秘密宗教中的義和團〉，《義和團運動與中國基督宗教》（臺北：輔仁大學出版社），頁95-131。
〈義和團源流與性質的解釋—以近十年中國學術界之研究成果說明〉，《在本地化與適應外來文化之間—東方與西方的宗教運動學術研討會》（比利時：新魯汶大學歷史系主辦）※翻譯為法文，尚未出版。
〈中國天主教教友類型—1840～1870年法國傳教區的教友〉，《南懷仁文化協會第八屆中國天主教史國際學術研討會》（比利時：老魯汶大學南懷仁文化協會主辦）※翻譯為英文（Different Types of Chinese Cathilic Communities －a Case of the Former French Missionaries Area During the 1840's&1870's），現正籌備出版。
〈義和團時期的反教言論〉，《文化交流史：文化接觸的中間人國際學術研討會》，臺北：輔仁大學歷史學系
陳方中，「民間信仰與秘密宗教中的義和團」，義和團運動與中國基督宗教國際學術研討會，新莊，臺灣，2004年11月。
陳方中，「一八六○年至一八七○年川省鄉間的民教衝突——以酉陽民教衝突為例」，中國基督教區域史研討會，成都大學基督教研究中心、華中師範大學東西文化交流研究中心及北美華人基督教學會，2005年10月。
陳方中，「文獻、訪談與事實——從義和團研究的案例看歷史記憶的形成」，2005國際研討會：歷史與記憶，澳門，中國，利氏學社，2005年12月。
陳方中，「龔士榮神父所參與的輔仁大學——輔大易長事件」，學風與傳統學術研討會，臺北：新莊，中華民國，輔仁大學校史室，2005年12月。
陳方中，「民初中國天主教本地化運動的教育理念——以《勸學罪言》為中心」，「將根紮好——基督宗教在華教育之檢討」國際學術研討會，桃園：中壢，中華民國，國立中央大學歷史學系，2006年3月。
陳方中，「愛國愛教－馬相伯的人生準則」，輔仁宗教研究，第13期，2006年8月，頁170-129。
陳方中，「義和團史學與六類史料」，人文學術的中國語境學術研討會，北京，中國，中國人民大學，2006年9月。
陳方中，「教友村與傳教活動」，天主教與構建和諧社會研討會，河北獻縣，中國，天主教獻縣教區，2006年10月。
陳方中，「義和團六類史料使用-以平原事件及朱家河事件為例」，第三屆文化交流史——點與線的觀察與思維國際學術研討會，新莊，中華民國，輔仁大學歷史系，2007年5月。
陳方中、蘇開明，「在東方文化中發展的教會——以臺灣的基督生活團為例」，新魯汶，比利時，亞洲空間，2007年5月。
陳方中，「 1746 年福安教案 」， 基督宗教與近代中國國際學術研 討會，北京，中國社科院近史所與比利時南懷仁研究中心合辦， 20 09 年 08 月 16-17 日。

三、專書

陳方中、江國雄合著，《中梵外交關係史》（臺北：臺灣商務印書館），頁1-328。民國九十二年十二月初版
《義和團運動與中國基督宗教》（臺北：輔仁大學出版社），頁1-579（編輯、共同作者）。民國九十三年十一月初版
陳方中，《于斌樞機傳》（臺北：臺灣商務印書館）。民國九十年四月初版

四、編輯

陳方中、吳俊德合編，《中梵外交關係六十年史料彙編》（臺北：輔仁大學天主教史料研究中心）。民國九十一年九月初版
陳方中主編，《中國天主教史籍彙編》（臺北：輔仁大學出版社）。民國九十二年七月初版

五、國科會研究

「中梵外交關係史」研究計畫：執行期限自二○○二年一月至二○○三年十二月。
「高中天主教史及中國天主教史課程」研究計畫：執行期限自二○○三年八月至二○○四年七月。
「中國天主教大事記續編」研究計畫：執行期限自二○○四年九月至二○○五年六月，目前執行中。
陳方中，「義和團歷史記憶的重塑——以直隸東南為研究區域」，2006年8月至 2007年7月，NSC：95-2411-H-030-001-。

六、非國科會研究

陳方中，「中國天主教大事記續編（一九八七年－－二００四年）」，2004年9月至 2005年6月。
陳方中，「臺北教區堂區史口述訪談計畫」，2005年8月至 2006年6月。

七、學位論文

〈民國初年中國天主教的本地化運動〉，政治大學歷史研究所，民國八十年碩士論文。
〈法國天主教傳教士在華傳教活動與影響（1860-1870）〉，臺灣師範大學歷史研究所，民國八十八年博士論文。

八、演講

陳方中，十九世紀下半葉傳教活動與義和團的關係，香港教區中心，2005年1月29日。
陳方中，義和團與中國天主教──研究概況、後續與聯結，中央研究院歷史語言研究所研究大樓701室，2005年6月24日。

九、專業服務

94學年度大學入學指定科目考試歷史科閱卷委員。

十、參加學術會議

「輔仁大學第四屆漢學國際研討會-中國宗教研究及其現況與展望（2006/11/24-25）」，臺北縣新莊輔仁大學，2006.11.25。

十一、其他

〈明清間漢文化結構及其與天主教的碰觸〉，《鼎》二○○二年春季號，總第一百二十四期（香港：聖神研究中心），頁12-24。
陳方中，「愛國天主教徒馬相伯」，歷史月刊，專文，2005.5年。